Giống như phần tiền truyện của nó, Zoku Natsume Yuujinchou kể về Takashi Natsume, một cậu bé có khả năng nhìn thấy yêu quái từ khi còn nhỏ, và vệ sĩ yêu quái Madara, biệt danh Nyanko-sensei. Natsume cố gắng trả lại những cái tên được viết trong "Cuốn sách của những người bạn" (mà cậu được thừa kế từ bà của mình là Reiko) cho yêu quái trong làng của mình. Trong suốt những cuộc phiêu lưu này, anh gặp một số yêu quái thân thiện, một số muốn ăn cắp Sách và một số muốn giết anh, khi Natsume tìm hiểu về bản thân và mối quan hệ của anh với những sinh vật bí ẩn này trên đường đi.